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(一)办公室。负责文电、会务、机要、档案等机关日常运作工作。承担人事、财务、接待、外事、督办、保密、机构编制、劳动工资、公费医疗、证照管理、安全保卫、后勤保障、资产管理、政府采购等工作。组织实施本局党建、组织、政治思想、纪检监察、统战、工青妇、宗教事务等工作。负责编写局年度组织沿革、大事记工作。负责公务员管理、专业技术人员继续教育和职称评定工作。负责退休干部职工的服务和管理工作。负责编制年度经费预算、决算。组织实施机关和直属单位内部审计。承担区环保工作领导小组办公室的日常工作。

(二)环境影响评价与排放管理处。统筹生态文明体制改革工作,受区政府、管委会委托对重大经济、技术政策和发展规划及重大经济开发计划进行环境影响评价,按管理权限审批或审查开发建设区域、规划、项目环境影响评价文件。组织起草生态环境综合规划,协调和审核生态环境专项规划。组织开展区域空间生态环境评价。负责防治污染设施拆除或闲置审批。负责排污许可综合协调和管理工作。组织局行政审批制度改革工作,拟订生态环境准入清单并组织实施。负责危险废物收集经营项目许可管理。负责辖区环境影响评价机构管理。负责入河、入海排污口设置管理。协调本区推进粤港澳大湾区生态环境保护工作。负责重大建设项目生态环境服务工作。负责管理区行政服务中心综合窗口(生态环境审批业务)。

(三)大气与水环境管理处。负责全区大气、恶臭、机动车等污染防治监督管理。拟订并监督实施相关污染防治规划、计划和环境空气功能区划。负责全区地表水、地下水和海洋生态环境污染防治的监督管理。拟订和监督实施水污染防治规划和水环境功能区划、水功能区划。组织拟订并监督实施重污染天气应对措施。组织协调大气固定源、移动源等污染防治工作。组织实施重点区域大气污染联防联控协作机制。负责流域水环境保护工作。负责监督防止地下水污染。监督管理饮用水水源地生态环境保护工作。指导、协调和监督全区海洋生态环境保护工作;负责陆源污染物排海、海岸和海洋工程污染物排放、海洋油气勘探开发和废弃物海洋倾倒对海洋污染损害的污染防治工作;配合开展海洋督察工作。

(四)固体废物与应急管理处。负责全区固体废物、化学品、重金属、光、辐射、噪声等污染防治监督管理,拟订并监督实施相关污染防治规划、计划。拟订和监督实施声环境功能区划,负责工业噪声污染防治工作,指导生活、施工、交通等噪声污染防治工作。推进本区固体废物处置能力建设。参与民用核事故应急处理,协调辐射环境事故应急处置。协调全区突发生态环境事件和生态破坏事件的应急处理和预警工作。

(五)土壤与应对气候变化处。负责全区土壤污染防治监督管理,拟订并监督实施相关污染防治规划、计划。组织开展工业场地再开发利用土壤污染与修复的监督管理。监督指导农业面源污染治理工作;组织指导农村生态环境保护。监督自然保护区生态环境保护工作,承担生态保护红线相关监管工作,组织协调生物多样性保护工作。承担污染物排放总量控制综合协调和管理工作,承担污染物排放总量控制工作,监督实施污染物总量减排计划;组织生态环境统计、污染源普查和生态环境形势分析。承担应对气候变化与减排的综合协调工作。组织拟订并监督实施应对气候变化及温室气体减排规划、计划和政策。配合排放权交易组织协调工作。

(六)生态环境监测与科技处。统筹全区生态环境监测工作。组织开展生态环境执法监测、温室气体减排监测、应急监测,调查评估全区生态环境质量状况并进行预测预警。组织建设和管理全区生态环境监测网。组织环境质量指数周报,组织编制环境质量报告书。组织开展环境保护科学技术研究,推广环保应用技术示范工程,组织对外环保科技与经济合作交流;组织和协调全区生态环境保护宣传教育和培训工作,负责局政务信息、政务公开、新闻审核和发布,负责局系统生态环境培训工作。组织开展强制清洁生产审核工作。统筹推进“绿色社区”“绿色学校”的创建验收和生态环境教育基地建设。负责全区创建ISO14000国家示范区的推进、管理与协调工作,组织生态工业示范园区建设。参与指导和推动循环经济与生态环境保护产业发展。负责环境监控指挥中心管理工作,承担区污染防治攻坚战指挥部日常工作。

(七)生态环境监督处。对接中央和省、市生态环境保护督察,组织开展督察整改相关工作。负责生态环境保护、污染防治综合监督管理和综合协调。组织拟订生态环境综合政策、规范性文件。统筹局法治建设、普法工作,承担合法性审查、依申请公开等工作。组织开展环境信用评价,统筹区生态环境保护联合激励惩戒工作。负责提出区本级生态环境领域固定资产投资的建议,申报管理生态环境专项资金,组织开展生态环境损害赔偿、生态补偿工作。负责实施生态环境保护目标责任制,负责局本级绩效考核工作。负责指导协调和监督全区生态保护修复工作。拟订并监督实施生态环境保护工作责任清单、权责清单。配合开展相关生态环境行政执法工作。办理人大建议议案、政协提案工作。参与涉及生态环境领域的安全生产、食品安全、打击走私等工作。