黄埔区打私办设在黄埔区政府办公室，专门成立黄埔区打击走私综合治理领导小组及其办公室，区政府冯广俊副区长担任领导小组组长，区政府办公室主任聂磊、黄埔老港海关缉私分局局长刘红军、黄埔工商分局副局长王云枫担任领导小组副组长，区政府办、区检察院、区法院、区经贸局、区财政局、区交通旅游局、区文广新局、区公安分局、区质监局、区药监局、黄埔检验检疫局等部门分管领导作为成员。

领导小组下设办公室，设在区政府办公室口岸管理科，办公室主任：聂磊（兼），负责区打走私综合治理工作全面的组织协调和打私办日常管理工作。