（一）办公室
负责区总工会工作部署的落实、督查；负责机构编制、组织人事、机关文秘、档案、保密、信息、统计、劳动工资、印章管理、党务、会务、调研、接待、计生、党风廉政建设及行政后勤保障等工作；负责工会经费的收、管、用和工会资产的管理，负责单位内部财务管理；承担办公自动化、信息化建设和日常维护管理工作；负责与其他地区工会的联络、交流工作。
（二）基层工作部
负责指导基层工会组织建设和会员发展工作；负责会员代表大会和大会闭会期间的组织工作；指导基层工会做好工会换届改选及领导干部的任免审批手续；制定工会干部的管理制度和培训计划；指导本区各级工会的民主参与、民主管理和民主监督工作，推动基层工会坚持职工代表大会制度和开展厂务公开、民主评议企业领导干部等工作；负责基层工会社团法人资格证的核发工作；负责工会的宣传教育工作；负责指导全区职工文化体育活动；指导街镇工会职工服务站点建设和“职工之家”活动；负责区总工会女职工委员会办公室工作。
（三）权益保障部
制定有关工会、劳动等方面的政策措施、规章制度；向区委、党工委、区政府、管委会以及上级总工会反映职工群众的意愿和要求，提出相关建议；推动企业建立平等协商及集体合同制度和监督保证机制,组织职工参与企业民主管理工作；参与监督检查安全生产、职工劳动保护法律、法规和政策措施执行情况；推动职工社会保障和集体福利事业的发展，维护职工的合法权益；参与工伤事故、劳动争议案件的调查处理工作；负责职工的法律咨询、法律援助和群众来信来访的处理工作；管理区济难基金的工作,指导各级工会做好职工互助保险、特困、困难职工救济工作；负责工会经费和工会资产的审查、审计工作，负责所属各级工会组织财务监督工作，负责经费审查委员会日常工作；协助做好劳动模范、先进集体的评选、管理工作；负责区劳动竞赛工作；组织、指导基层工会实施群众性经济技术创新活动；配合有关部门做好维稳综治、平安创建、禁毒、普法宣传和再就业等工作。
下属事业单位:黄埔区总工会（广州开发区总工会）职工服务中心
职责：
（一）负责组织开展全区员工公寓、企业（员工）以“金雁文化”为主题的系列服务；
（二）负责全区异地务工人员人文关怀工作；
（三）负责全区异地务工人员的文化体育、宣传教育、咨询服务等工作；
（四）承办区委、党工委、区政府、管委会和区总工会交办的其他事项。