广州开发商务局设6个内设机构：

　　（一）办公室。负责本部门日常事务，承担各类会议及其他重要活动的筹备和组织工作；督促检查工作部署、决定事项、领导批办交办事项等的落实情况；组织起草文件文稿，承担政务公开、编发工作信息、审核发布公文等任务；负责机要保密、印章管理、档案管理、后勤服务和接待等行政管理工作；负责党务、廉政、人事、机构编制、财务、计生、资产管理等工作；承担办公自动化、信息化建设工作。

　　（二）商贸发展科。组织编制全区商贸业规划并组织实施，监测分析商贸宏观运行状况；负责编制全区商业网点发展规划并组织实施；负责协调推进商贸集聚区、特色商业街、大型购物中心等规划建设和专业批发市场转型升级；指导冷链物流业发展；制定全区电子商务相关政策措施，促进电子商务发展，负责电子商务产业集聚区、平台、支撑服务体系建设；承担电子商务推广与应用工作。承担职责范围内相应的安全生产监管职责。

　　（三）外贸发展科。负责进出口贸易管理和服务工作；负责监测分析全区进出口状况，研究对外贸易发展趋势；负责服务贸易和服务外包工作；负责推动加工贸易企业转型升级；负责跨境电子商务等外贸新业态促进工作；负责依法管理、监督和服务对外投资、对外承包工程、对外劳务合作等对外经济合作业务；指导外贸企业开拓国际市场。承担职责范围内相应的安全生产监管职责。

　　（四）商务服务业科。拟订并组织实施商务服务业发展规划和政策措施；拟订并组织实施餐饮业、家庭服务业、住宿业、美容美发业、洗染业、家电维修等生活服务业发展规划和政策措施；协助餐饮业和服务业行业开展等级评定；配合市制定并组织实施生活服务行业技术、技能、服务质量标准；负责特种商贸业发展工作，对租赁（融资租赁除外）、旧货流通、汽车流通业等进行监督管理；负责对内外资直销企业服务网点方案加具意见；负责报废机动车回收拆解行业的管理；承担职责范围内相应的安全生产监管职责。

　　（五）市场秩序科。协调全区整顿和规范商贸流通市场经济秩序的相关工作，研究提出规范市场秩序的政策措施建议；参与建立市场诚信公共服务平台、推动商务领域信用建设；负责单用途商业预付卡相关行政管理；制定和实施再生资源回收行业发展规划和促进政策，推进再生资源回收利用体系建设，指导和管理再生资源回收工作，规划再生资源回收网点建设；负责统筹商务领域投诉；负责统筹职责范围内相应的安全生产监管工作。

　　(六)口岸管理科。组织拟订并实施区口岸建设发展规划，负责口岸综合管理和协调及按管理权限办理全区口岸的开设、关闭、搬迁及技改建设的审查、报批等工作。